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Ogni rete è diffusa in tutto il mondo e lo sviluppo della rete informatica ha raggiunto il suo apice. In quest'epoca, esistono due mondi sviluppati: il "mondo reale" e il "mondo cablato", o mondo virtuale della rete. Soma Toru appartiene a un gruppo di hacker, Steppen Wolf, che gira liberamente per il mondo della rete. Come ultimo lavoro, attaccano il database delle forze dell'ONU. Durante l'attacco perde Nonomura Yuya, suo amico e leader della squadra. Toru viene arrestato dall'esercito. In cambio della sua liberazione, deve lavorare per un'organizzazione anti-hacker, la prima squadra dell'Ufficio per l'amministrazione delle informazioni delle forze di sicurezza delle Nazioni Unite. Lavorando per loro, cerca la persona che ha ucciso il suo amico, mentre anche gli altri membri hanno le loro ragioni per combattere. La lotta a tre tra il gruppo terroristico, l'impresa di sicurezza e l'esercito continua ogni giorno. I vari eventi che si verificano durante la lotta sembrano a prima vista indipendenti l'uno dall'altro, ma convergono verso un unico evento come se fossero attratti da qualcosa. Basato sul gioco di GIGA.